Lors de la gravure au plasma, pratiquement tous les matériaux organiques peuvent être traités. L'effet de gravure repose sur la même réaction chimique que le nettoyage. Seuls certains paramètres, comme le temps ou la puissance, sont adaptés aux exigences spécifiques.
En plus de l’oxygène, d’autres gaz peuvent être ajoutés afin d’augmenter considérablement la vitesse de gravure. En général, on utilise des gaz fluorés comme le CF₄. Les radicaux fluorés produits sont nettement plus réactifs que le plasma à l’oxygène. Cependant, les produits de réaction doivent être retenus à l’aide de filtres appropriés.